В сухой сезон, который длится с декабря по май, стоят жаркие солнечные дни с температурой от 25 °C до 32 °C. Это пик туристического сезона в Эль-Нидо: погода идеальна для пляжа, туров по островам и дайвинга. Влажность в это время ниже, поэтому на улице комфортнее.

Влажный сезон в Эль-Нидо длится с июня по ноябрь, а пик дождей приходится на сентябрь и октябрь. В это время дожди идут часто, обычно во второй половине дня в виде гроз.

Дождь бывает сильным, но обычно он не идёт весь день, так что времени увидеть Эль-Нидо и насладиться его природой всё равно достаточно.